Projets de recherche COVID-19

Le projet HT-Covid “ Screening optimisé à très haut débit pour le développement de candidats médicaments antiviraux ciblant SARS-CoV-2 » porté par le Pr. Jean-Hugues Renault, directeur de l’ICMR (UMR CNRS/URCA n°7312) a été déposé fin mars et financé par la région Grand Est en partenariat avec l’ANR.

Ce projet a pour objectif de développer une approche à très haut débit, originale et intégrée, reposant sur de l’arrimage moléculaire par criblages directs et inversés. Une évaluation rapide et efficace de différentes bases de données d’espaces chimiques très larges sur des cibles médicamenteuses pertinentes du SRAS-CoV-2 est menée afin de trouver de petites molécules antivirales comme candidats médicaments.

Afin de trouver les potentielles molécules ayant une activité sur le virus SARS-CoV-2, le projet s’appuie sur un réseau de chimistes, biophysiciens, biologistes, informaticiens et médecins, qui s’est structuré en des temps records en raison du contexte sanitaire. Ce réseau transdisciplinaire regroupe notamment quatre unités de recherche de l’URCA (ICMR - UMR n°7312, MEDyC - UMR n°7369, CReSTIC - EA 3804, CardioVir – EA 4684).

A l’heure actuelle, plus d’un milliard de structures ont déjà été testées et le temps de l’analyse de la quantité colossale des données est arrivé. Des développements méthodologiques ont également été réalisés et ont permis entre autre de fiabiliser le processus d’automatisation des calculs et de réduire considérablement les temps de calcul (d’un facteur supérieur à 100 !).

Les données produites par le projet HT-Covid pourront être en accès libre.

Le projet Fabrication Additive au Bénin pour lutter contre le COVID 19 a été déposé par le Pr. Samir Allaoui de l'Institut de Thermique, Mécanique, Matériaux (ITheMM) en réponse à l'appel à projet lancé par l'AUF.

Ce projet veut accompagner les établissements de santé du Bénin en partageant l'expérience et les compétences acquises par l'URCA dans la conception et l'utilisation de la fabrication additive. Il vise aussi à accompagner le développement de produits dont le Bénin a besoin.

La TASKFORCE Covid 19 montée dans le cadre de ce projet permettra une amélioration des conditions sanitaires à la fois dans les établissements de santé Béninois mais aussi dans les pays associés .

Plus d'informations sur le projet sur le site AUF.

L'Université de Reims Champagne-Ardenne s'est associée par le biais du Dr. Vincent VUIBLET au projet PaTraC porté par le CHU de Brest est en cours de recherche de financement.

Ce projet vient analyser l'impact que la période de confinement a eu sur la capacité des hôpitaux à répondre aux demandes et soins des patients, en analysant la réorganisation des hôpitaux. PaTraC réunit 12 hôpitaux et met en place une stratégie nationale commune de mise à disposition des infrastructures difficilement mobilisables.

Le projet a pour but d'analyser la trajectoire des patients hospitalisés.

Le Pr. Jacques Cohen (LRN) a déposé un projet au Comité Care - MESRI. Ce dernier a pour but d'étudier le CR1/E et le rôle qu'il joue dans le cadre du COVID 19.

En effet, il existe un abaissement du CR1/E dans les cas de SRAS. Le projet souhaite étudier la fluctuation du CR1/E dans le cadre du 19 en se concentrant sur 3 volets :

• L'influence du COVID-19 sur le CR1/E ,
• La corrélation entre la probable diminution du CR1/E et l'aggravation de la maladie,
• La prédiction de l'aggravation

Différentes études ont souligné la présence du SARS-coV2 dans les eaux usées[1] ce qui suggère un possible transfert vers les hydrosystèmes récepteurs des eaux traitées des stations d’épuration (STEP). La recherche du SARS-coV2 (génome), ainsi que celle d’autres composés ou pathogènes, directement dans l’eau peut se confronter à différentes limites techniques (forte capacité de dilution : nécessité de filtrer de grande quantité d’eau) et d’interprétation des résultats (milieu en constante évolution). L’unité SEBIO propose depuis quelques années l’utilisation d’organismes invertébrés en tant qu’accumulateur de composés/pathogènes afin de mieux intégrer dans le temps et l’espace la contamination des masses d’eau en ces éléments. Cette hypothèse a été testée dans le contexte de cette pandémie. L’originalité de notre approche repose sur l’utilisation d’organismes calibrés et provenant d’une stabulation prolongée au laboratoire assurant ainsi l’absence de du SARS-coV2 dans leurs tissus. Ainsi des moules zébrées, Dreissena polymorpha, ont été transplantées au maximum de l’épidémie (première quinzaine d’avril) dans l’effluent ainsi qu’en amont et aval du point de rejet de la STEP de Reims. De la même manière, des individus ont été transplantés à la même période dans l’effluent d’une STEP du SIAAP et sur un site amont de la Seine (Bougival). Des organismes ont été récupérés régulièrement durant plusieurs semaines. Les échantillons sont en cours d’analyse et des premières informations devraient être disponibles dans les prochaines semaines. Ce travail implique le Dr Mélissa Palos Ladeiro et le Pr Alain Geffard de l’unité SEBIO et est mené en collaboration avec la Communauté Urbaine du Grand Reims (M Jean-Christophe Inglard et Mme Cécile Pochet), ainsi que le Dr Vincent Rocher du SIAAP (Syndicat interdépartemental pour l’assainissement de l’agglomération parisienne), le Dr Nicolas Boudaud (ACTALIA, Saint-Lô) et le Pr Christophe Gantzer (UMR 7564 LCPME, Université de Lorraine). Ce travail est également réalisé en interactions avec le réseau OBEPINE (OBservatoire EPIdémiologique daNs les Eaux usées ; Drs Sébastien Wurtzer et Laurent Moulin : Eau de Paris et le Pr Vincent Maréchal : Sorbonne Université).

[1] Medema, G., Heijnen, L., Elsinga, G., Italiaander, R. & Brouwer, A. Presence of SARS-Coronavirus-2 in sewage. medRxiv 2020.03.29.20045880 (2020) doi:10.1101/2020.03.29.20045880.

Mobilité et Urbanisme Tactique en Action

Le projet MUT’Action porté par l'unité de recherche HABITER en partenariat avec le CRDT, le laboratoire AMUP de l'Ecole Nationale Supérieure d'architecture de Strasbourg (ENSA) et le laboratoire SAGE de l'Université de Strasbourg (UNISTRA) est financé dans le cadre de l’appel à projets « Résilience Grand Est ».

L'objectif principal du projet consiste à (re)penser les mobilités par des actions sur l'environnement urbain immédiat et quotidien à l'échelle des quartiers dans les villes intermédiaires. La recherche se concentre sur les mécanismes de construction d'actions d'urbanisme tactique par les acteurs et la manière dont ils « font avec » les politiques urbaines de mobilité. L'étude se focalisera sur trois villes, particulièrement touchées par la crise sanitaire : Mulhouse, Reims et Nancy. L'intérêt du projet MUT'Action sera de faire l'analyse de ces expérimentations, de leur inclusion dans des stratégies de mobilités et de résilience plus globales et d'identifier si elles peuvent permettre de redessiner la ville sur le long terme.

Observatoire Numérique preVISIONnel du COVID en Grand-Est

Le centre de calcul ROMEO et le CReSTIC sont partenaires du projet ECOVISION, porté par l’Institut Hospitalo-Universitaire de Strasbourg, financé dans le cadre de l’appel à projets « Résilience Grand Est ».

Ce projet de recherche fédérateur multi-institutionnel et interdisciplinaire – en utilisant les données qui seront collectées par l'IHU en partenariat avec la plateforme PRIeSM dans le cadre de l'Observatoire Régional du Covid en Grand-Est (Méteo-Covid-Grand Est) – vise à générer des indicateurs de suivis de l'épidémie COVID-19 en temps réel, modéliser prédire la dynamique d'évolution de l'épidémie à partir des indicateurs afin d'estimer des paramètres clés au plus près du territoire, et prendre en compte dans les modélisation le coût économique des mesures de confinement. L'objectif est de transformer rapidement les projets scientifiques en outil opérationnel afin de permettre la production de rapports opérationnels sanitaire et économique en temps réel pour les organismes de soins de santé, les régions et les états à l'aide d'un tableau de bord unique intégrant les modélisations les plus innovantes après s'être assuré de leur validation sur le terrain.

Etude systèmes de décontamination lits médicalisés et fauteuils roulants

L’unité de recherche BIOS est partenaire du projet CLEAN’UVc Chair&Bed, porté par l’université de Lorraine, financé dans le cadre de l’appel à projets « Résilience Grand Est ».

Aujourd'hui, face au COVID19, la nécessité de désinfecter et de trouver des solutions de décontamination est au centre de l'actualité. La société LogoSilver, partenaire du projet et spécialisée dans le développement et le commerce de détail d'articles médicaux, souhaite développer un nouvel axe stratégique lié à la décontamination de lits et fauteuils roulants. La société a besoin de monter en compétences pour comprendre les technologies de désinfection, les protocoles les mieux adaptés aux lits et fauteuils et le comportement des agents infectieux sur les différentes parties du matériel médical. A terme, l'objectif est de commercialiser une gamme de système de décontamination pour lit et fauteuils roulants et d'adapter le matériel médical développé dans la société pour le rendre moins prompt à la contamination.