Stress Environnementaux et BIOsurveillance des milieux aquatiques (SEBIO) - UMR-I 02

Présentation

Face à la présence de contaminants liés aux activités anthropiques dans les milieux naturels, les recherches menées actuellement au laboratoire ont pour objectif i) une meilleure compréhension des mécanismes fondamentaux à la base de leur action toxique sur les organismes animaux, ii) la définition de réponses précoces et prédictives du risque toxique avec comme application potentielle leur utilisation pour la biosurveillance des milieux. Les actions de l’unité sont organisées autour de 3 axes : i) reproduction et endocrinologie, ii) immunité et activité de défense et iii) énergie et métabolisme.

Effectif

Le 1er Janvier 2018 l’UMR était composée de : 30 enseignants-chercheurs et chercheurs ; 16 BIATSS et ETAM statutaires, 25 doctorants, post-doctorants et CDD (ingénieur, technicien).

Mots clés

Ecotoxicologie, biomarqueurs, bioessais, métabolisme énergétique, génotoxicité, reprotoxicité, perturbateurs endocriniens, immunotoxicité, stress chimiques, stress biologiques, vertébrés, invertébrés, biosurveillance, continuum

Thématiques de recherche

Thème 1 : Améliorer nos connaissances sur les mécanismes de toxicité des contaminants chimiques et biologiques chez les organismes aquatiques et identification de réponses d’intérêts pour la biosurveillance.

Thème 2 : Lever les verrous de l’utilisation de ces réponses/outils (biomarqueurs, bioessais) en biosurveillance et diagnostic environnemental.

Savoir faire

• Paramètres physico-chimiques des eaux
• Analyse d’éléments traces métalliques
• Biologie moléculaire
• Intégrité de l’ADN
• Enzymologie
• Histo-cytologie
• Cytométrie en flux

Equipements

Plateformes propres à l’unité :

• Rivières artificielles (12) : INERIS
• Plateforme de cytométrie (4 cytomètres) : URCA/INERIS

Autres plateformes :

Plateforme PRESEN (SFR SCALE) composée de plusieurs plateaux :

• Plateau d’analyses chimiques de matrices environnementales
• Plateau d’analyses physiques de matrices environnementales
• Plateau d'analyses microscopiques et cytométrie
• Plateau de microbiologie et d’écologie moléculaire
• Plateau mobile et équipement des sites ateliers

Equipements propres à l’unité (sur les trois sites) :

Elevage et expérimentation :

• Animalerie dédiée aux espèces aquatiques et incluant des salles d’élevage et des salles d’exposition en semi-statique et en continu
• Plateforme de mésocosmes lotiques (12 canaux de 20 mètres)

Biologie moléculaire :

• Plateau de biologie moléculaire (q-PCR) et automate de pipetage
• Nanodrop
• Digital Droplet-PCR

Biochimie :

• Plateforme automatisée de biochimie permettant la mise en œuvre de dosages biochimiques en microplaques 96 et 384 puits
• Automate de colorimétrie Thermo Scientific Gallery™
• Lecteurs microplaques (UV, Fluo, Luminescence)
• HPLC

Protéomique :

• Plateau d’électrophorèse bidimensionnelle
• UPLC Q-TOF ; QTrap

Biologie cellulaire :

• Laboratoire de culture cellulaire
• Cytomètres, dont 2 mobiles (avec lecteur de microplaques)
• Mesure de la génotoxicité : test des comètes

Histologie :

• Plateforme d’histologie permettant la préparation et la coloration automatisées des échantillons
• Microscopes et loupes binoculaires (optique et fluorescence)
• Cryotome

Analyses des éléments traces métalliques :

• Spectrométrie d’Absorption Atomique (Four, Flamme)

Partenariats

National (instituts et universités) :

Irstea, IFREMER, INRA, IRSN, CEA, Université Reims Champagne Ardenne (EA3800 PROTAL, ICMR UMR 7312), Université de Lorraine (LIEC, UMR CNRS 7360, LCPME UMR 7564), Université Catholique de l’Ouest (EA2160 MMS), Université de Montpellier (UMR 5119 Ecosym UM2 - CNRS – IFREMER), Université de Pau (ECOBIOP UMR 1224 INRA), Université de Perpignan (IMAGES, EA 4218 ; CEFREM UMR 5110 CNRS, 2EI UMR CNRS 5244), Sorbonne Université (METIS, UMR 7619 CNRS), l’Université de Lille (UMR 8187 LOG) Université Côte d’Opale, Université de Bordeaux (UMR 5805 EPOC), Université de Caen et Sorbonne Université (UMR 7208 BOREA), Université de Rouen (UMR 6143 M2C)

International :

CIRE (Québec, Canada), INRS, Institut Armand-Frappier, Montréal Quebec (Canada), CISA-INIA (Madrid Espagne), Université de Ternopil (Ukraine), Universités du Sussex, la Marine Biological association (UK), Université de Liège; Université de Namur; CSIC de Barcelone ; Ternopil V. Hnatyuk National Pedagogical University, Ukraine ; Nicolaus Copernicus University, Torun, Pologne ; Department of Ecology, Environment and Plant Sciences, Stockholm University, Suède, Université de Sfax (Tunisie).Université de Tubingen (Allemagne), University College Cork (Irlande), Université D’Algarve (Portugal)

Industriels :

EDF, BIO-RAD

Date de mise à jour : février 2018