La génétique moléculaire

Le CHU de Reims a été labellisé par le plan national maladies rares 2 (PNMR2) comme « plateforme nationale de diagnostic approfondi ».

Un séquenceur de nouvelle génération (MiSeq, Illumina®) est présent au CHU de Reims et en fonction depuis août 2014. Il permet de réaliser du séquençage ciblé de gènes dans le cadre des maladies rares et de la médecine personnalisée des cancers. L’identification de mutations chez les patients avec maladie rare est importante pour :

1. la prise en charge des patients, la fin de l'errance diagnostique et leur orientation vers une filière et un centre de référence maladie rare;
2. le conseil génétique au patient et à ses apparentés ;
3. la possibilité de proposer un diagnostic prénatal ou préimplantatoire aux couples qui le souhaitent (quand cela est recevable donc fonction de la pathologie) ;
4. l’inclusion dans un essai thérapeutique ;
5. la facilitation de la constitution des dossiers pour la prise en charge sociale des patients.

L’étude familiale peut être importante en terme de prévention chez les apparentés pré-symptomatiques porteurs de mutation(s).

Qu’est-ce que le séquençage de nouvelle génération ou NGS ?

Le séquençage de nouvelle génération permet de séquencer une partie (séquençage dit ciblé) ou l’intégralité du génome (séquençage dit complet). Le séquençage ciblé est indiqué pour la plupart des maladies rares. Cependant, un séquençage complet est indiqué pour les pathologies plus complexes comme les anomalies du développement du fœtus et les déficiences intellectuelles.

Le séquençage ciblé est aussi indiqué dans le cas des cellules cancéreuses afin d’y trouver des mutations responsables de la tumeur. Cela permet de dresser une carte d’identité de la tumeur et d’analyser les mécanismes moléculaires en cause. L’objectif à terme est de permettre aux médecins de disposer du profil génomique de chaque tumeur, de manière suffisamment fine et rapide pour l’intégrer à leur décision thérapeutique ou pour proposer à des patients des essais cliniques en vue de développer un traitement ciblé.

L’avenir est au diagnostic non invasif par la détection d’ADN fœtal pendant la grossesse, et de cellules tumorales circulantes ou d’ADN tumoral circulant dans le cas des cancers. Ce diagnostic non invasif pourra être réalisé par séquençage de nouvelle génération.

Par leurs projets, nos étudiants participent à la mise au point de nouveaux tests utiles en santé et développent des projets de recherche indispensables à l’évolution des connaissances.

Quels diagnostics ?

La plateforme réalise le séquençage ciblé à haut débit d'un certain nombre de gènes responsables de maladies rares pour l'ensemble de la communauté médicale nationale et internationale :

• -maladies mitochondriales : séquençage complet de l'ADN mitochondrial et panel NGS MITO28
• -anomalies des neurotransmetteurs de type monoamines biogènes et bioptérines, et hyperphénylalaninémie : panel NGS NT16
• -épilepsies de l'enfant : panels NGS EP35 et EP75
• -déficience intellectuelle (panel NGS DI60) dont les syndromes de Coffin-Siris, de Kleefstra et de Wiedemann-Steiner
• -maladies osseuses constitutionnelles dont ostéogénèse imparfaite (COL1A1/COL1A2), Syndrome d'Ellis-Van Creveld, Calcification artérielle généralisée infantile, Dysplasie osseuse ostéosclérotique létale, Syndrome pseudoxanthome élastique-like avec rétinite pigmentaire, dyschondrostéose de Léri-Weill, maladies liées à des mutations des gènes FGFR3, COL2A1, COMP

• détails sur Orphanet et à la demande (aslebre@chu-reims.fr)