Les challenges de la bioéconomie nécessitent une approche transdisciplinaire.
Le pôle AEBB favorise cette démarche qui permet de coupler des domaines dans des actions de recherche globales et intégrées. De grands organismes nationaux tel que le CNRS, l'INERIS et l'INRAE sont aussi historiquement impliqués à travers des Unités Mixtes de Recherche (UMR).
Transversalement aux activités des unités de recherche du pôle AEBB citées ci-dessus, les thématiques SHS (Sciences Humaines et Sociales), SNI (Sciences du Numérique et de l'Ingénieur) et Santé sont présentes et travaillent en interaction avec les unités du pôle AEBB :