Un protocole de recherche présente le compte rendu détaillé d'une expérience scientifique, plus particulièrement dans le cadre d'une recherche clinique. Il décrit précisément le contexte et les objectifs du projet de recherche, ainsi que la méthode des expériences, les différentes étapes des procédures expérimentales, le matériel à utiliser (réactifs, équipements, logiciels, etc.), la gestion et l'analyse des données et les considérations éthiques .
Publier un protocole de recherche permet de :

• garantir la traçabilité et la transparence de la procédure
• améliorer la reproductibilité de la recherche
• valoriser le travail préalable à l'obtention des résultats de cette recherche

Il est possible de déposer un protocole de  recherche dans l'archive ouverte HAL, en sélectionnant le type de document Rapport, puis Protocole de recherche.