Biomolécules : Synthèse et Mécanismes d'Action (BSMA)

Coordinateur : Janos Sapi, PR
Marie-Charlotte Belhomme, MC
Hatice Berber, MC
Erika Bourguet, MC
Pascale Clivio, DR
Marie Cochard, MC
Clément Denhez, MC
Stéphane Gérard, MC
Dominique Guillaume, PR
Arnaud Haudrechy, PR
Eric Hénon, PR
Hassan Khartabil, MC
Catherine Mirand, PR
Murielle Muzard, MC
Richard Plantier-Royon, PR
Stéphanie Coantic Castex, IR

Savoir-faire
  • Synthèse organique :
- Design, synthèse et évaluation biologique d’analogues de molécules naturelles (sucres, nucléosides, peptides)
- Purification enzymatique / Tests biologiques : inhibition enzymatique
- Valorisation d’hydrates de carbones pour la synthèse de composés d’intérêt biologique
- Applications de la stratégie Claisen-Ireland / Métathèse (CIM)
- Synthèses peptidique, énantiosélective, hétérocyclique, analyse conformationnelle en solution
- Chimie d’hétérocycles et de substances naturelles / réactions multi-composants, réactions en cascade, couplages pallado-catalysés
- Synthèse d’oligonucléotides modifiés, photochimie de l’ADN

  • Modélisation moléculaire :
- Méthodes de chimie quantique: HF, DFT, MP2, ..., CASPT2, MRCI
- Techniques d'exploration de SEP
- Méthodes statistiques: TET, RRKM: calcul de paramètres cinétiques
- Code de calcul KISTHEP (http://helios.univ-reims.fr/kisthep)
- Méthodes de dynamique moléculaire
- Docking
Equipements spécifiques
  • Plate-forme protéomique : synthétiseur de peptides, spectromètre de masse : MALDI-TOF, GCT (IFR53)
  • CLHP analytique Dionex, semi-préparative Perkin Elmer 200, Chromatographie ionique
  • Spectromètres : UV-Visible, IR, RMN Bruker 300
  • Synthétiseur d’oligonucléotides, Lyophilisateur, SpeedVac
  • Equipement nécessaire pour purifications enzymatiques (armoire froide 4°C, chambre froide 4°C, congélateur - 80°C, FPLC, électrophorèse...)
  • Plate-forme de calcul ROMEO http://www.romeo2.fr
  • Compteur à Scintillation et Ultracentrifugeuse

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Formation et Enseignement

  • Atelier pratique modélisation moléculaire
  • Des sessions sont organisées chaque année sur ce thème (soutien PPF Romeo et PPF modélisation moléculaire)

Atelier pratique modélisation moléculaire 1 Atelier pratique modélisation moléculaire 2

Cette formation s’adresse en priorité aux doctorants et postdoctorants, expérimentateurs en chimie organique, biochimie, pouvant ponctuellement avoir recours à la modélisation dans le cadre de leur travail de recherche.

Objectifs de formation :

Introduction de la pratique du logiciel de calcul de chimie quantique « Gaussian » et du logiciel de visualisation « Molden » (optimisation de géométries, prédiction de spectres IR et RMN, ...)

Compréhension des enjeux (modèles théoriques et chimiques, paramètres calculatoires, ressources informatiques) liés à la modélisation des propriétés physico-chimiques avec les approches de la chimique quantique.

Sensibilisation aux noms des méthodes et niveaux de calcul rencontrés dans la littérature

Création de ressources numériques pédagogiques en Chimie
Animations interactives 3D de mécanismes réactionnels, orbitales, acides aminés, fonctions organiques, ...: http://sead.univ-reims.fr/courses/3DCHEMISTRY

Création de ressources numériques pédagogiques en Chimie

Biomolécules : Synthèse et Mécanismes d'Action