En cours
ZAPATA S. : Contribution à la systématique morphologique et moléculaire des Phlébotomes (Diptera ; Psychodidae) d’Equateur des genres Nyssomyia, Psychodopygus (série guyanensis) et Psathyromyia (sous-genre Foratiniella). Conséquences sur la transmission des leishmanioses. (co-direction R. Leon et J. Depaquit; collaboration : F. Le Pont et E.A.B. Galati).

NINIO C. : Etude de la transmission de la fièvre catarrhale ovine dans le Nord-Est de la France. (co-direction : B. Dufour et J. Depaquit).

AKHOUNDI M. : Approches morphologique et moléculaire du sous-genre Adlerius Nitzulescu (Diptera, Psychodidae, Phlebotomus). (co-direction P. Parvizi et J. Depaquit).

PORTIER J. : Alaria alata (Goeze, 1782) (Platyhelminthes, Trematoda): étude des différents acteurs du cycle, épidémiosurveillance et développement d’outils de diagnostic. (co-direction I. Vallée et H. Ferté)

RANDRINAMBININTSOA F. J. : Inventaire et analyse de la biodiversité dans deux groupes d'insectes diptères hématophages (phlébotomes et moustiques) à Madagascar. (co-direction Raminosoa Rasoamampionona Noromalala, V. Robert et J. Depaquit).

JAOUADI K. : Etude épidémiologique du foyer de leishmaniose à Leishmania killicki de Metlaoui. (co-direction H. Babba et J. Depaquit).

OUANAIMI F. : Les Leishmanioses en Zones Arides et Semi Arides du Maroc : Identificationdu Parasite, Epidémiologie et Ecologie du Vecteur. (co-direction : M. Boumezzough et B. Pesson).

2010
BOUNAMOUS Azzedine : Caractérisation morphologique et moléculaire des Phlébotomes de l’est algérien. (co-directeurs : Pr. S. Berchi, Constantine et J. Depaquit, Reims). Université de Constantine (Algérie).

2008
BOUSSAA S. - Epidémiologie des leishmanioses dans la région de Marrakech, Maroc : effet de l’urbanisation sur la répartition spatio-temporelle des phlébotomes et caractérisation moléculaire de leurs populations. (Directeurs : Prs A. Boumezzough et B. Pesson : universités de Marrakech et Strasbourg)

JOUET D. – Les schistosomes aviaires : biodiversité, relations hôtes-parasites et implications dans la dermatite cercarienne. (Directeur de thèse : Dr H. Ferté, Reims).

2007
MOIN-VAZIRI Vahideh - Studies on the genetic variation of different populations of Phlebotomus sergenti and Phlebotomus caucasicus in their distribution areas of Iran. (Co-directeurs : Pr. M.R. Yaghoobi-Ershadi, Univ. Téhéran et J. Depaquit, Reims. Université de Téhéran, Iran.

LIENARD Emmanuel - Les nématodes du tractus digestif des cervidés : marqueurs de contacts interspécifiques et traceurs de populations-hôtes - de la morphologie à la biologie moléculaire. 2007. Directeur de thèse : Dr H. Ferté.

En cours
Paillard J. – Analyse morphologique, moléculaire et phylogéographique de Sergentomyia clydei (Diptera, Pyschodidae) (Directeur: Pr. J. Depaquit)

Poulin R. - approches morphologique et moléculaire du genre Chinius Leng (Diptera, Psychodidae, Phlebotominae) (Directeur: Pr. J. Depaquit)

Simphal E. – Etude des Culicoides de la région de Sissonne (département de l’Aisne). Corrections demandées (Directeur: Dr. D. Augot, Président: Pr. J. Depaquit.

2010
Caqué S. – La babésiose en Champagne-Ardenne : enquête auprès des cliniques vétérinaires (Directeur: Pr. J. Depaquit)

2009
Charlier T. – Transfusion sanguine et parasitoses (Directeur: Pr. J. Depaquit)

Dhondt C. – Systématique moléculaire des Sergentomyia de Madagascar (Diptera, Pyschodidae) (Directeur: Pr. J. Depaquit)

Payen B. – Approche moléculaire des sous-genres Euphlebotomus et Anaphlebotomus (Diptera, Psychodidae, Phlebotomus) (Directeur: Pr. J. Depaquit)

Andry P.E. – Circulation des Phlebovirus (Bunyaviridae) chez les phlébotomes (Diptera, Psychodidae) dans le Sud de la France (Directeur: Pr. J. Depaquit)

Hologne C. - Etude épidémiologique de la dermatite cercarienne : Beauvais, France (Directeur de thèse: Dr. D. Jouet, Président: Pr. J. Depaquit)

2008
Léon A.S. – Contribution de la biologie moléculaire à la détermination des préférences trophiques des Phlébotomes (Diptera, Psychodidae) (Directeur: Pr. J. Depaquit)

Colson P. – Analyse moléculaire des Phlébotomes du groupe « major » (Diptera, Psychodidae, Phlebotomus) et de quelques espèces affines (Directeur: Pr. J. Depaquit)

Thomas A. – Influence du mouvement du droit des animaux sur l’évolution de l’expérimentation animale (Directeur : Pr S. Gangloff, Président: Pr. J. Depaquit)

2005
Muller F. - Contribution à l’étude des Phlébotomes (Diptera, Psychodidae) de Ouagadougou (Burkina Faso) (Directeur : Pr J.C. Gantier, Paris XI, Président: Pr. J. Depaquit)

Froment G. - Etude du portage des Taenidae (Cestoda) chez le renard roux (Vulpes vulpes) dans deux populations à habitats contrastés (Directeur : Dr H. Ferté, Président: Pr. J. Depaquit).

Burlot Y. - Le sanglier (Sus scrofa L.) hôte de trématodes. A propos d’une observation en Champagne-Ardenne (Directeur : Dr H. Ferté, Président: Pr. J. Depaquit).

Hacquart S. - Etude des biomarqueurs hépatiques de la carpe (Cyprinus carpio) exposée à trois milieux de contamination différents (Directeur : Dr S. Paris, Président: Pr. J. Depaquit).

Jouet D. - Détection et évaluation de la contamination toxoplasmique en milieu marin (directeur : Dr D. Aubert, Président: Pr. J. Depaquit)

2004
Thaï A. - Contribution à la connaissance des Phlébotomes (Diptera, Psychodidae) du Vietnam (Directeur: Pr. J. Depaquit)

Decaux G. - Etude morphologique et moléculaire des Adlerius (Diptera, Psychodidae, Phlebotomus) méditerranéens (Directeur: Pr. J. Depaquit)

Mathot N. - Etude du passage de Nématodes gastro-intestinaux de ruminants sauvages vers les ruminants domestiques à l'aide d'animaux traceurs (Directeur : Dr H. Ferté, Président: Pr. J. Depaquit)

2003
Laurin B. - Mise au point d'une nouvelle méthode pour déterminer l'origine des repas sanguins chez les insectes hématophages. Application aux Phlébotomes (Diptera : Psychodidae) de Chypre (Directeur: Pr. J. Depaquit)

Griffon-Verzeaux A - Etude morphologique et moléculaire de la variabilité intraspécifique chez Phlebotomus papatasi et deux espèces apparentées : P bergeroti et P. duboscqi (Diptera, Psychodidae) (Directeur: Pr. J. Depaquit)

Fonder C. - Apport de la biologie moléculaire au diagnostic coprologique des strongyloses gastro-intestinales du Chevreuil (Capreolus capreolus L) (Directeur : Dr H. Ferté, Président: Pr. J. Depaquit)

Payen C. - Etude des variations de l'ITS2 (Second Internal Transcribed Spacer) de Nématodes parasites inféodés aux ruminants sauvages et aux ruminants domestiques (Directeur : Dr H. Ferté, Président: Pr. J. Depaquit)

2002
Nice N. - Contribution à la connaissance de la composition générique des strongles intestinaux chez le Chevreuil (Capreolus capreolus) basée sur l'étude des larves infestantes (Directeur : Dr H. Ferté, Président: Pr. J. Depaquit)

Caramelle H. - Enquête sur les Trématodes d'oiseaux aquatiques. Approches morphologique et moléculaire (Directeur : Dr H. Ferté, Président: Pr. J. Depaquit)

Musset L. - Plasmodium falciparum : recherche et étude d'un polymorphisme dans le gène du cytochrome b associé à la résistance in vitro à l'atovaquone. (Directeur : Pr. J. Le Bras, Paris V, Président: Pr. J. Depaquit).

2001
Annarumma S. - Apport de la biologie moléculaire au diagnostic différentiel de la fasciolose et de la paramphistomose chez les ruminants domestiques. (Directeur: Pr. J. Depaquit)
Desanlis B. - Contribution à l'épidémiologie de la dermatite cercarienne en Champagne-Ardenne : enquête sur le site du Der-Chantecoq (51-52) (Directeur: Pr. J. Depaquit)

Amiot X. et Miclet D - Le département des Ardennes, nouveau foyer d'échinococcose alvéolaire : enquête sur le portage d'Echinoccocus multilocularis par le renard roux (Vulpes vulpes) (Directeur: Pr. J. Depaquit)